Dr. Markus Zirkel war nach seinem Studium der Rechtswissenschaften und dem Referendariat zunächst wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für öffentliches Recht an der Universität der Bundeswehr in München sowie als Feier Mitarbeiter bei Prof. Dr. Hermann Reichold an der wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät der katholischen Universität Eichstätt in Ingolstadt tätig. Er promovierte bei Prof. Dr. Hanns Ullrich auf dem Gebiet des gewerblichen Rechtsschutzes und Urheberrechts. 2002/2003 war er Lehrbeauftragter an der Universität der Bundeswehr in München.
Er ist auswärtiges wissenschaftliches Mitglied der Forschungsstelle für Forschungsförderung und Technologietransfer der TU Dresden sowie Mitglied im Arbeitskreis Exportkontrolle des DICO e.V.. Er war in unterschiedlichen Positionen bei Fraunhofer tätig und ist seit 2022 Leiter des Direktorats Recht & Compliance der Fraunhofer-Gesellschaft. Veröffentlichungen verschiedener Fachbeiträge zu den rechtlichen Rahmenbedingungen von Forschungs- und Entwicklungsprojekten runden sein Profil ab.