Die Organisationsstruktur des Fraunhofer ISE gliedert sich neben Institutsleitung, Verwaltungsleitung und Kommunikation in die wissenschaftlichen Bereiche Photovoltaik, Strom, Wärme und Gebäude und Wasserstofftechnologien und deren Abteilungen, Gruppen und Teams.
Unsere Außendarstellung erfolgt durch fünf marktorientierte Geschäftsfelder: Photovoltaik, Energieeffiziente Gebäude, Wasserstofftechnologien und Elektrische Energiespeicher, Solarthermische Kraftwerke und Industrieprozesse und Leistungselektronik, Netze und Intelligente Systeme.
In beratender Funktion wird das Fraunhofer ISE von langjährigen Begleitern und erfahrenen Experten der Solarbranche unterstützt:
Prof. Dr. Eicke R. Weber (Institutsleiter 2006-2016)
Prof. Dr. Joachim Luther (Institutsleiter 1993-2006)
Prof. Dr. Volker Wittwer (stellvertretender Institutsleiter 1997-2009).